La période gallo-romaine
Le village, dont l'origine remonte à la période romaine voire celte, doit son nom « Papanheim » à la présence de nombreux domaines appartenant à des couvents et monastères. Les recherches actuelles tendent à montrer une présence antérieure sur le site, les « prêtres » pouvant être des « druides ».
Le Haut-Mundat
Depuis le haut Moyen Âge les couvents et monastères détenaient de nombreuses terres et propriétés autour et dans le village. C'est ainsi que l'évêché de Bâle, le couvent des Unterlinden de Colmar ou le monastère de Murbach étaient possessionnés à Pfaffenheim. Plus tard le village échoit au Haut-Mundat de l'évêché de Strasbourg qui nomme un bailli chargé d'administrer les biens. Le bailli se fait assister de neuf jurés dont le grand bailli de Rouffach. Le village était régi par l'évêque de Strasbourg pour tout ce qui était "temporel" et par celui de Bâle pour ce qui tenait du "spirituel".
Les châteaux
Pfaffenheim disposait autrefois de trois châteaux appelés Presteneck, Hertenfels et Meyenheim, que les évêques avaient donnés en fiefs à différentes familles nobles, et dont on ne relève plus aucune trace. Ils furent incendiés en 1338 par les habitants de Sélestat et deColmar qui soutenaient le parti de l'empereur de Bavière, Louis IV de Bavière1 contre l'évêque Berthold de Bucheck.
Le commerce du vin
La richesse première de Pfaffenheim a de tous temps été liée à la vigne, d'où de nombreuses maisons typiques de vignerons, avec porche et cave au rez-de-chaussée et habitat à l'étage. Le commerce du vin devait être florissant : en effet, nombreuses sont les maisons "patriciennes" datant de la Renaissance et dont il reste de magnifiques tours abritant des escaliers en pierre de taille. Le village était réputé pour la qualité de ses vins et de ses châtaignes dès le Haut Moyen Âge.
Les guerres du Moyen Âge
Bien que fortifié, le village fut mis à sac à plusieurs reprises. Qui dit richesse, dit convoitise, et Pfaffenheim a payé chèrement cette prodigalité de la nature, puisque le village a été détruit à quatre reprises : en 1338 par les armées de l'empereur Louis de Bavière et les habitants de Colmar et de Sélestat en lutte contre l'évêché de Strasbourg Berthold de Bucheck, auquel appartenait Pfaffenheim ; en 1444par les Armagnacs et au cours de la guerre des Paysans en 1525, puis pendant la guerre de Trente Ans d'où la rareté de très anciens vestiges.
Passage de Turenne
Turenne a passé la nuit du 4 au 5 janvier 1675, veille de la bataille de Turckheim, à Pfaffenheim à l'endroit où se tient désormais le restaurant au Petit Pfaffenheim. Ses troupes (30 000 hommes) bivouaquèrent dans la plaine, entre l'actuelle RD 83 et la Lauch, de la colline du Bill jusqu'à celle de l'Elsbourg au nord. Il n'est pas sûr que Turenne ait dormi à l'auberge du Petit Pfaffenheim, certaines sources laissent entendre qu'il se serait rendu dans la proche banlieue de Turckheim le 4 au soir, afin d'y étudier le dispositif ennemi. Il aurait dormi deux ou trois heures dans une chapelle située près de St Gilles et aurait rejoint son état-major à Pfaffenheim très tôt le 5 janvier.
Les troubles de la Révolution
Le village doit faire à un autre danger. Pendant la Révolution le couvent de Schauenberg est saccagé.
